• Facebook
  • linkedin
  • youtube

SARS-CoV-2:n ilmaantuminen B.1.1.7 Sukuperä

Yhdysvallat, 29. joulukuuta 202012. tammikuuta 2021

Summer E. Galloway, PhD 1;Prabasaj Paul, PhD 1 ;Duncan R. MacCannell, PhD 2;Michael A. Johansson, PhD 1;

John T. Brooks, MD 1;Adam MacNeil, PhD 1;Rachel B. Slayton, PhD 1;Suxiang Tong, PhD 1 ;Benjamin J. Silk, PhD 1;Gregory L. Armstrong, MD 2;

Matthew Biggerstaff, ScD 1;Vivien G. Dugan, PhD

15. tammikuuta 2021 tämä raportti julkaistiin MMWR:näVarhainen julkaisu MMWR:n verkkosivustolla (https://www.cdc.gov/mmwr).

Yhdistynyt kuningaskunta raportoi 14. joulukuuta 2020SARS-CoV-2-variantti (VOC), linja B.1.1.7,kutsutaan myös VOC 202012/01 tai 20I/501Y.V1.*Variantin B.1.1.7 arvioidaan ilmestyneen syyskuussa2020 ja siitä on nopeasti tullut hallitseva kiertoSARS-CoV-2-variantti Englannissa (1).B.1.1.7 on olluthavaittu yli 30 maassa, mukaan lukien Yhdysvallat.Kuten13. tammikuuta 2021 noin 76 B.1.1.7-tapaustahavaittu 12 Yhdysvaltain osavaltiossa.Useita todisteitaosoittavat, että B.1.1.7 lähetetään tehokkaammin kuin nemuut SARS-CoV-2-variantit (13).Mallinnettu lentoratatämä muunnelma Yhdysvalloissa kasvaa nopeasti vuoden 2021 alussa,tulossa vallitsevaksi variantiksi maaliskuussa.LisääntynytSARS-CoV-2-tartunta saattaa uhata rasittavaa terveydenhuoltoaresurssit edellyttävät laajempaa ja tiukempaa täytäntöönpanoakansanterveysstrategioista (4) ja lisätä niiden prosenttiosuuttaväestön immuniteetti, jota tarvitaan pandemian torjuntaan.Ottaatoimet leviämisen vähentämiseksi nyt voivat vähentää mahdollisuuksiaB.1.1.7:n vaikutus ja anna kriittisen ajan lisätä rokotteitakattavuus.Yhteisesti tehostettu genomivalvontayhdistettynä tehokkaan yleisön jatkuvaan noudattamiseenterveystoimenpiteet, mukaan lukien rokotukset, fyysinen etäisyys,maskien käyttö, käsihygienia sekä eristäminen ja karanteeniovat välttämättömiä SARS-CoV-2-viruksen leviämisen rajoittamiseksijoka aiheuttaa koronavirustaudin 2019 (COVID-19).Strateginensellaisten henkilöiden testaus, joilla ei ole oireita, mutta joilla on suurempi riskiinfektio, kuten SARS-CoV-2:lle altistuneet tai sairastavattoistuva väistämätön kosketus yleisöön tarjoaa toisenmahdollisuus rajoittaa jatkuvaa leviämistä.

Globaali genomivalvonta ja nopea avoimen lähdekoodin jakaminenvirusgenomisekvenssien määritys on helpottanut lähes reaaliaikaistakehittyvän SARS-CoV-2:n havaitseminen, vertailu ja seurantamuunnelmia, jotka voivat antaa tietoa kansanterveystoimista sen hallitsemiseksipandeeminen.Kun taas jotkut mutaatiot viruksen genomissanousta esiin ja sitten vetäytyä, toiset voivat antaa valikoivan edistyksenmuunnelmaan, mukaan lukien parannettu siirrettävyys, niin ettätällainen muunnelma voi nopeasti hallita muita kiertäviä muunnelmia.

Pandemian alkuvaiheessa SARS-CoV-2:n muunnelmia sisältävätpiikki (S) -proteiinin D614G-mutaatio, joka lisääntyyreseptorisitoutumisaviditeetti tuli nopeasti hallitsevaksi monissamaantieteelliset alueet (5,6).Loppusyksystä 2020 useat maat ilmoittivat havaitsemisestaanSARS-CoV-2-variantit, jotka leviävät tehokkaammin.LisäksiB.1.1.7-versioon, merkittäviä muunnelmia ovat B.1.351syntyperä havaittiin ensimmäisen kerran Etelä-Afrikassa ja tunnistettiin äskettäinB.1.1.28-alikladi (nimetty uudelleen"P.1) havaittiin neljässä matkustajassaBrasiliasta rutiiniseulonnan aikana Hanedalla (Tokio)lentokenttä.§ Näissä varianteissa on geneettisen muta-konstellaatiomuun muassa S-proteiinin reseptoria sitovassa domeenissa,joka on välttämätön isäntäsoluun sitoutumiselle angiotensiini-entsyymi-2 (ACE-2) -reseptorin muuntaminen viruksen helpottamiseksisisääntulo.Todisteet viittaavat siihen, että näistä löytyy muita mutaatioitamuunnelmat voivat lisätä paitsi lisääntynyttä siirrettävyyttä myössaattaa myös vaikuttaa joidenkin reaaliaikaisten diagnostisten toimintojen suorituskykyynkäänteinen transkriptiopolymeraasiketjureaktio (RT-PCR)määrityksetja vähentää herkkyyttä neutraloiville vasta-aineille(2,3,510).Tuore tapausraportti dokumentoi ensimmäisen tapauksenSARS-CoV-2-uudelleeninfektio Brasiliassa SARS-CoV-2-variantillajoka sisälsi E484K-mutaation**, joka on osoitettuvähentää neutralisaatiota toipilaan seerumin ja monoklonaalisenvasta-aineet (9, 10).

Tämä raportti keskittyy muunnelman B.1.1.7 syntymiseenYhdysvalloissa.12.1.2021 alkaen ei myöskäänB.1.351- tai P.1-variantteja ei ole havaittuYhdysvallat.Lisätietoja uusista SARS-CoV-2:stahuolenaiheisiin muunnelmiin, CDC ylläpitää verkkosivuatarjota tietoa uusista SARS-CoV-2-varianteista.††

 B.1.1.7 sukulinja (20I/501Y.V1)

B.1.1.7-variantissa on mutaatio S-proteiinissa(N501Y), joka vaikuttaa reseptoriin sitoutumisen konformaatioonverkkotunnus.Tässä variantissa on 13 muuta B.1.1.7-linjaa määrittelevää mutaatiota (taulukko), joista useat ovat S-proteiinissa,mukaan lukien deleetio kohdissa 69 ja 70 (del6970) sekehittynyt spontaanisti muissa SARS-CoV-2-varianteissa ja onoletettu lisäävän tarttuvuutta (2,7).Poistokohdissa 69 ja 70 aiheuttaa S-geenikohteen epäonnistumisen (SGTF)vähintään yhdessä RT-PCR:ssäperustuva diagnostinen määritys (eliThermoFisher Taq Path COVID-19 -määritys, B.1.1.7 variant ja muut variantit del69:n kanssa70 tuottaa negatiivisentulos S-geenin kohteelle ja positiivinen tulos kahdelle muulletavoitteet);SGTF on toiminut valtakirjana Yhdistyneessä kuningaskunnassaB.1.1.7 tapausten tunnistamiseen (1).Useat todisteet osoittavat, että B.1.1.7 on enemmänlähetetty tehokkaasti muihin SARS-CoV-2:isiin verrattunaYhdistyneessä kuningaskunnassa leviäviä muunnelmia.Yhdistyneen kuningaskunnan alueillasuuremmalla osalla B.1.1.7-sekvenssejä oli nopeampi epidemiaSGTF-diagnoosit lisääntyivät kuin muilla aloillanopeammin kuin ei-SGTF-diagnoosit samoilla alueilla, ja asuurempi osa kontakteista oli indeksipotilaiden tartunnan saaneitaB.1.1.7 -tartunnalla kuin indeksipotilaillamuut variantit (1,3).Variantilla B.1.1.7 on potentiaalia lisätä Yhdysvaltain panostademinen kehityskulku tulevina kuukausina.Tämän vaikutuksen havainnollistamiseksikehitettiin yksinkertainen kahden vaihtoehdon lokeromalli.Tämänhetkinen B.1.1.7:n esiintyvyys Yhdysvalloissa kaikkien liikkeessä olevien joukossaviruksia ei tunneta, mutta sen uskotaan olevan <0,5 %rajoitettu määrä havaittuja tapauksia ja SGTF-tietoja (8).vartenmallissa alkuperäiset oletukset sisälsivät B.1.1.7 esiintyvyyden0,5 % kaikista infektioista, SARS-CoV-2-immuniteettiaiempi infektio 10 %30%, ajallisesti vaihteleva lisääntyminennumero (Rt ) / 1,1 (vähennetty, mutta kasvava lähetys)tai 0,9 (pienenevä tartunta) nykyisille versioille, ja raportoitu esiintyvyys on 60 tapausta 100 000 henkilöä kohti päivässä1. tammikuuta 2021. Nämä oletukset eivät vastaa tarkastimihin tahansa yhdysvaltalaiseen sijaintiin, vaan osoittavat pikemminkin yleistyksenyleiset olosuhteet koko maassa.Rt:n muutos ohiaika, joka johtuu hankitusta immuniteetista ja lisääntyvästä prevaB.1.1.7:n linssi mallinnettiin, oletuksena B.1.1.7 Rton vakio 1,5 kertaa nykyisten muunnelmien Rt, perustuenYhdistyneen kuningaskunnan alustavien arvioiden mukaan (1,3).Seuraavaksi mallinnettiin rokotuksen mahdollinen vaikutusolettaen, että 1 miljoona rokoteannosta annettiin perpäivä alkaa 1. tammikuuta 2021 ja että 95 % immuniteettisaavutettiin 14 päivän kuluttua 2 annoksen saamisesta.Erityisesti,immuniteetti infektiota vastaan ​​joko nykyisillä muunnelmilla taiB.1.1.7 variantti oletettiin, vaikka tehokkuus jainfektiosuojan kesto on edelleen epävarma,koska nämä eivät olleet kliinisten tutkimusten ensisijainen päätetapahtumaensimmäisiä rokotteita varten.Tässä mallissa B.1.1.7:n esiintyvyys on aluksi alhainen, mutta kuitenkin siksise on tarttuvampi kuin nykyiset muunnelmat, se osoittaanopea kasvu vuoden 2021 alussa, ja siitä tuli vallitseva muuttujamuurahainen maaliskuussa (kuva 1).Onko virran siirtovarianttien määrä kasvaa (alku Rt = 1,1) tai vähenee hitaasti(alkuperäinen Rt = 0,9) tammikuussa B.1.1.7 saa aikaan merkittävän muutoksensiirtoradalla ja eksponentiaalisen uudessa vaiheessakasvu.Rokoteella, joka suojaa tartunnalta,varhaisen epidemian liikeradat eivät muutu ja B.1.1.7 leviääesiintyy edelleen (kuva 2).Kuitenkin, kun B.1.1.7 muuttuuhallitseva variantti, sen lähetys väheni huomattavasti.Rokotuksen vaikutus tartuntojen vähentämiseen lähialueellatermi oli suurin skenaariossa, jossa lähetys olijo laskemassa (alku Rt = 0,9) (kuva 2).Varhaiset pyrkimyksetvoi rajoittaa B.1.1.7-version leviämistä, kuten yleis- jakansanterveyden lieventämisstrategioiden noudattamisen lisääminen,antaa enemmän aikaa jatkuvalle rokotukselle korkeamman tason saavuttamiseksiväestötason immuniteetti.

Keskustelu

Tällä hetkellä kliinisissä tuloksissa ei ole tiedossa eroaliittyy kuvattuihin SARS-CoV-2-variantteihin;kuitenkin,suurempi siirtonopeus johtaa useampaan tapaukseen, mikä lisääntyykliinistä hoitoa tarvitsevien henkilöiden kokonaismäärä, pahentajakeventää taakkaa jo ennestään kireälle terveydenhuoltojärjestelmälle,ja aiheuttaa lisää kuolemia.Jatkuva genomivalvontatunnistaa B.1.1.7 tapaukset sekä muiden ilmaantuminenmuunnelmia huolta Yhdysvalloissa, on tärkeäCOVID-19 kansanterveyden vastaus.SGTF:n tuloksena taasvoi auttaa tunnistamaan mahdolliset B.1.1.7-tapaukset, jotka voidaan vahvistaasekvensoimalla, tunnistamalla prioriteettivariantteja, joita ei näySGTF luottaa yksinomaan sekvenssipohjaiseen valvontaan.

 

 

 

Variantin nimitys

Ensimmäinen tunnistaminen  

Tyypillisiä mutaatioita

(proteiini: mutaatio)

Nykyisten järjestysvahvistettujen tapausten lukumäärä Nro /

maissa

sekvenssejä

Sijainti Päivämäärä Yhdysvallat Maailmanlaajuinen  
B.1.1.7 (20I/501Y.V1) Yhdistynyt kuningaskunta Syyskuu 2020 ORF1ab: T1001I, A1708D, I2230T,

del36753677 SGF

S: del6970 HV, del144 Y, N501Y,

A570D, D614G, P681H, T761I,

S982A, D1118H

ORF8: Q27stop, R52I, Y73C

N: D3L, S235F

76 15,369 36
B.1.351 (20H/501Y.V2) Etelä-Afrikka lokakuuta 2020 ORF1ab: K1655N

E: P71L

N: T205I

S: K417N, E484K, N501Y, D614G,

A701V

0 415 13

 

P.1 (20J/501Y.V3 Brasilia ja Japani Tammikuu 2021 ORF1ab: F681L, I760T, S1188L,

K1795Q, del36753677 SGF, E5662D

S: L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S,

K417T, E484K, N501Y, D614G,

H655Y, T1027I

ORF3a: C174G

ORF8: E92K

ORF9: Q77E

ORF14: V49L

N: P80R

0 35 2

 

Lyhenteet: del = poisto;E = vaippaproteiini;N = nukleokapsidiproteiini;ORF = avoin lukukehys;S = piikkiproteiini.

Kokemus Yhdistyneestä kuningaskunnasta ja B.1.1.7-malleistatässä raportissa esitetyt havainnollistavat vaikutusta tarttuvamminvariantti voi olla tapausten lukumäärästä populaatiossa.Thetämän muunnelman lisääntynyt siirrettävyys vaatii vielä enemmänrokotuksen ja lieventämisen tiukka yhdistetty täytäntöönpanotoimenpiteitä (esim. etäisyys, naamiointi ja käsihygienia)valvoa SARS-CoV-2:n leviämistä.Nämä toimenpiteet tulevat olemaantehokkaampia, jos ne otetaan käyttöön ennemmin tai myöhemminhidastaa B.1.1.7-version alkuperäistä leviämistä.Pyrkimyksetvalmistelee terveydenhuoltojärjestelmää lisähuippuihin tapauksissaperusteltua.Parempi siirrettävyys tarkoittaa myös parempaakuin odotettu rokotuskattavuus on saavutettavasaavuttaa saman tason taudintorjuntaa yleisön suojelemiseksiverrattuna vähemmän tarttuviin variantteihin.Yhteistyössä akateemisen, teollisuuden, valtion, alueellisen,heimojen ja paikallisten kumppanien, CDC:n ja muiden liittovaltion virastojen kanssakoordinoivat ja tehostavat genomivalvontaa javiruksen karakterisointitoimia kaikkialla Yhdysvalloissa.CDCkoordinoi USA:n sekvensointitoimia SARS-CoV-2:n kauttaJärjestys kansanterveyden hätäapua varten,Epidemiologia ja valvonta (SPHERES)§§konsortio,joka sisältää noin 170 osallistuvaa laitosta ja edistää avointa tietojen jakamista SARS-CoV-2:n käytön helpottamiseksisekvenssitiedot.CDC seuraa SARS-CoV-2-viruksen kehitystämonitahoisen genomisen seurannan toteuttaminen ymmärtääkseenepidemiologiset, immunologiset ja evoluutioprosessitjotka muodostavat viruksen fylogenioita (fylodynamiikka);opas epidemiatutkimukset;ja helpottaa havaitsemista ja karakterisointiamahdolliset uudelleeninfektiot, rokotteen läpimurtotapaukset janousevia virusvariantteja.Marraskuussa 2020 CDC perustettiinkansallinen SARS-CoV-2-kantojen seurantaohjelma (NS3).parantaa kotimaisen SARS-CoV-2:n edustavuuttasekvenssejä.Ohjelma tekee yhteistyötä 64 yhdysvaltalaisen yleisön kanssaterveyslaboratoriot genomivalvontajärjestelmän tukemiseksi;NS3 rakentaa myös kokoelmaa SARS-CoV-2-näytteitä asekvenssit, jotka tukevat kansanterveystoimia ja tieteellistätutkimusta, jolla arvioidaan mutaatioiden vaikutustaolemassa olevia suositeltuja lääketieteellisiä vastatoimia.CDC:llä onmyös useiden suurten kaupallisten kliinisten laboratorioiden kanssatoisiaan nopeasti sekvensoimaan kymmeniä tuhansia SARS-CoV-2:tapositiivisia näytteitä joka kuukausi ja on rahoittanut seitsemää akateemistainstituutioita toteuttamaan genomivalvontaa yhteistyössäkansanterveysvirastojen kanssa, mikä lisää merkittävästioikea-aikaisten genomivalvontatietojen saatavuus eri puoliltaYhdysvallat.Näiden kansallisten aloitteiden lisäksimonet valtion ja paikalliset kansanterveysvirastot ovat sekvensoimassa

KUVA 1. Nykyisten SARS-CoV-2-varianttien ja B.1.1.7-version simuloidut tapausten ilmaantuvuusrajat*,olettaen, ettei yhteisössä rokotetaja joko alku Rt = 1,1 (A) tai alku Rt = 0,9 (B) nykyisille versioilleYhdysvallat, tammikuuHuhtikuu 2021

 

Kuvio 1
kuva 2
lyhenteet
Kuvio 1

SARS-CoV-2 ymmärtääksesi paremmin paikallista epidemiologiaa jatukea kansanterveystoimia pandemiaan.Tämän raportin havainnot ovat vähintään kolmen rajan alaisiatoimenpiteitä.Ensinnäkin tarttuvuuden kasvun suuruusYhdysvalloissa havaittuun verrattunaYhdistynyt kuningaskunta on edelleen epäselvä.Toiseksi esiintyvyysB.1.1.7 Yhdysvalloissa on myös tuntematon tällä hetkellä, muttamuunnelmien havaitseminen ja levinneisyyden arviointi paranevatYhdysvaltojen tehostettujen valvontatoimien kanssa.Lopuksi paikallinen mitigaToimenpiteet ovat myös erittäin vaihtelevia, mikä johtaa vaihteluihinRt .Tässä esitetyt tulokset perustuvat simulaatioihinja olettanut, että lievennykset eivät muutu tammikuun 1. päivän jälkeen.B.1.1.7-version sodan lisääntynyt siirrettävyysvaatii kansanterveysstrategioiden tiukkaa täytäntöönpanoavähentää välitystä ja vähentää B.1.1.7:n mahdollista vaikutusta,kriittisen ajan ostaminen rokotuskattavuuden lisäämiseksi.CDC:tmallinnustiedot osoittavat, että yleinen käyttö ja lisääntynyt compliLieventämistoimenpiteiden ja rokotusten noudattaminen ovat ratkaisevan tärkeitävähentää merkittävästi uusien tapausten ja kuolemantapausten määräätulevina kuukausina.Lisäksi ihmisten strateginen testaus ilmanCOVID-19:n oireita, mutta joilla on lisääntynyt riski sairastuaSARS-CoV-2-tartunta tarjoaa uuden mahdollisuudenrajoittaa jatkuvaa leviämistä.Yhdessä tehostettu genomivalvontalance yhdistettynä lisääntyneeseen kansanterveyden noudattamiseenlieventämisstrategiat, mukaan lukien rokotukset, fyysinen etäisyysnaamioiden käyttö, käsihygienia sekä eristäminen ja karanteeni,on välttämätöntä SARS-CoV-2:n leviämisen rajoittamiseksikansanterveyden suojelemiseksi.

Kiitokset

Kansanterveyskriisin järjestyksen jäsenetVastaus-, epidemiologia- ja valvontakonsortio;osavaltio ja paikallinenkansanterveyslaboratoriot;Association of Public Health Laboratories;CDC COVID-19 -vastaustiimi;Hengityselinten virusten osasto,Virussairauksien osasto, CDC.Committee of Medical Journal Editors -lomake mahdollisten tietojen paljastamiseksieturistiriidat.Mahdollisia eturistiriitoja ei paljastettu.

Viitteet

1. Englannin kansanterveys.Uuden SARS-CoV-2-variantin tutkiminen: huolenaihe 202012/01, tekninen tiedotus 3. Lontoo, Yhdistynyt kuningaskunta: Public Health England;2020. https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/950823/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3_-_England.pdf
2. Kemp SA, Harvey WT, Datir RP, et ai.Toistuva SARS-CoV-2-piikkipoiston ΔH69/V70 ilmaantuminen ja siirtyminen.bioRxiv[Preprint julkaistu verkossa 14. tammikuuta 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.14.422555v4
3. Volz E, Mishra S, Chand M, et ai.SARS-CoV-2-linjan B.1.1.7 leviäminen Englannissa: oivalluksia epidemiologisten ja geneettisten tietojen yhdistämisestä.medRxiv [Preprint julkaistu verkossa 4. tammikuuta 2021].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.30.20249034v2
4. Honein MA, Christie A, Rose DA, et ai.;CDC COVID-19 -vastaustiimi.Yhteenveto ohjeista kansanterveysstrategioista SARS-CoV-2:n ja siihen liittyvien kuolemantapausten korkean leviämisen torjumiseksi yhteisössä, joulukuu 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1860–7.PMID:33301434 https://doi.org/10.1558emm6/9mmwr.2
5. Volz E, Hill V, McCrone JT, et ai.;COG-UK Consortium.Arvioidaan SARS-CoV-2-piikkimutaation D614G vaikutuksia tarttuvuuteen ja patogeenisyyteen.Cell 2021;184:64–75.e11.PMID:33275900 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.11.020
6. Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S, et ai.;Sheffield COVID-19 genomiikkaryhmä.SARS-CoV-2-piikkien muutosten seuranta: todisteita siitä, että D614G lisää COVID-19-viruksen tarttuvuutta.Cell
2020; 182:812–27.PMID:32697968 https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.06.043
7. McCarthy KR, Rennick LJ, Namnulli S, et ai.Luonnolliset deleetiot SARS-CoV-2-piikkiglykoproteiinissa ajavat vasta-aineita karkaamaan.bioRxiv [Preprint julkaistu verkossa 19. marraskuuta 2020].https://www.biorxiv.org/content/
10.1101/2020.11.19.389916v18.Washington NL, White S, Schiabor KM, Cirulli ET, Bolze A, Lu JT.S-geenien poistumismallit SARS-CoV-2-testeissä viittaavat H69del/V70del-mutaation leviämiseen Yhdysvalloissa.medRxiv [Preprint julkaistu verkossa 30. joulukuuta 2020].https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.24.20248814v1
9. Weisblum Y, Schmidt F, Zhang F, et ai.Paeta SARS-CoV-2-piikkiproteiinivarianttien neutraloivia vasta-aineita.eLife 2020;9:e61312.PMID:33112236 https://doi.org/10.7554/eLife.61312
10. Greaney AJ, Loes AN, Crawford KHD, et ai.Mutaatioiden kattava kartoitus SARS-CoV-2-reseptoria sitovaan domeeniin, jotka vaikuttavat polyklonaalisten ihmisen seerumin vasta-aineiden tunnistamiseen.bioRxiv [Preprint julkaistu verkossa 4. tammikuuta 2021].https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.12.31.425021v1


Postitusaika: 11.2.2021